Попова заочно обвинили по ч. 4 ст. 159 УК РФ «Мошенничество в особо крупном размере». Дело связано с закупкой в 2016 году оборудования для ультрафиолетовой очистки сточных вод. Фиктивному подрядчику ООО «Веград Инжиниринг» был выплачен завышенный аванс в 607,5 млн рублей. Бывший финансовый директор фирмы Андрей Брунков полностью признал свою вину и дал показания на Попова. В мае его приговорили к 3 годам 8 месяцам колонии общего режима.
Любопытно, что когда после скандала, связанного с сомнительной сделкой, администрация города в 2016 году вынудила Попова уволиться из водоканала, он был трудоустроен гендиректором в АО «Нижегородская областная коммунальная компания», контролируемую правительством Нижегородской области. С этой должности он исчез в неизвестном направлении. Есть сведения, что Попов скрывается за рубежом.