В мае 2019 года выяснилось, что представители компании мыли металлические и пластмассовые бочки при помощи химических веществ. При этом отходы хранились в накопителе, который, по словам сотрудников, передавался на утилизацию специализированным фирмам.
Отбор проб из тары показал, что отходы имеют третий класс опасности. При этом «Экокуб» не имел лицензию на сбор, транспортировку и утилизацию данных стоков. В отношении компании было возбуждено административное дело.
Кроме того, у «Экокуба» нет паспортов отходов, нормативов их образования, а также лимитов на размещение. Также организация не вела первичный учет мусора.