Действие картины происходит спустя десять лет после событий первого фильма. Земля переживает новое вторжение монстров кайдзю. Во главе сил сопротивления Земли встает сын Стэкера Пентекоста — Джейк. После первого вторжения Джейк поссорился с отцом, прекратил тренировки пилота егерей и стал преступником. Однако новая угроза вторжения заставила Джейка вернуться. Помогают ему Мако Мори, которая возглавляет молодое поколение пилотов, и его второй пилот Ламберт. Новая версия мега-егерей обладает большими техническими возможностями и позволяет дать отпор врагу.